נתן גושן נולד בשם מתן גושן בלוד, לאבידן חיים (קצין קרבי וסוכן מוסד לשעבר) ולטובה גושן, וגדל במשפחה חילונית. בגיל 13 התחיל לנגן בגיטרה לבד, ושנה אחר כך זכה בתחרות כישרונות צעירים בלוד. כשהיה בן 15, החל בתהליך חיפוש ובירור עצמי, מה שהוביל לחזרה בתשובה.[1] למשך תקופה אף עזב את הבית והלך לקבר רבי שמעון בר יוחאי שבהר מירון, שם התבודד במשך שלושה חודשים ונהג לנגן בגיטרה בהרים.[2] לאחר תקופה עבר להתגורר בשכונת מאה שערים בירושלים, כשהוא מזהה את עצמו כמקורב לזרם הברסלב, בו רצוי ומקובל העיסוק במוזיקה. באותה תקופה בעקבות פטירת אביו, שינה את שמו ל"נתן", בהמלצתו של הרב חיים קניבסקי, ממנהיגי הציבור הליטאי . בצה"ל שירת כחייל מפקדה בגדס"ר גבעתי, לאחר שנפלט מהמסלול של פלחה"ן גבעתי.